SULARDA HAYATI BAŞLATAN MOLEKÜL: URASİL BAZI
Prof. Dr. Med. Vet. Aydın Evren

GİRİŞ:
Erwin Schroedinger’in çalışmalarından ısı değişmeleri ile her hücre genomundan günde yaklaşık 5000 nucleotidin kendiliğinden hidrolize olduğu ve DNA’nın deaminasyon ürünlerinden uracil bazı, hypoxanthine ve xanthine’in hücre suyuna katıldığı biliniyor (Schroedinger: 1945 and Alberts: 1983). Bu çalışmada hücre suyuna geçen bu üç deaminasyon ürününün metabolize edilemeyince organizmadaki görüntülerinin nasıl olduğu araştırıldı ve evrim sürecinde abiyogenez ile biyogenez, ototrof canlılar ile heterotrof canlılar arasındaki eksik halkayı tamamlar nitelikte sonuçlara varıldı.

Yöntem:
Çalışmaya Gebze Marmara Araştırma Merkezi’nden alınmış,
Örnek I 5’ CGGCGGTCTCTCCCAGGGCAGG 3’
Örnek II 5’ AGACTGGATGACTGCCATGG 3’
dizilimli degrede olmuş oligo nukleotidlerle yapılmış kültürlerin incelenmesiyle başlandı. Aynı denemeler SIGMA Chemical company USA’dan alınmış deaminasyon ürünlerinden uracil bazı, hypoxanthine ve xanthine ile de yapıldı.
Bu denemelerde deaminasyon ürünlerinin önce su, sonra metabolizmadaki varlığı ve faydası tartışmalı olan şeker, CGH ve tütün ekstatı eklenerek, kültür suyunun kalitesi değiştiğinde görüntülerinin nasıl değiştikleri araştırıldı.
Aynı deaminasyon ürünlerinin bitki özsularındaki görüntülerini tanımak için, saksı zambağı çiçek saplarından alınan özsularda bulunan kristallerin su ve hormon etkisiyle gelişmeleri incelendi.
Denemeler steril koşullarda, lyotropik sıvı kristallerin pleomorfik görüntülerini ortaya çıkaracak açık, yarı açık, kapalı, mono lineer ve suspensiyon türünde kültürlerde yapıldı. Deneylerde tespit ve boyama yapılmadı ve immersiyondan yararlanılmadı. Tüm preparatlar, immersiyon kullanılmadan x1000 defa büyütme olanağı veren Nikon Alphaphot2 mikroskobu ile incelendi ve fotoğraflandı.
En son olarak, bütün bu deaminasyon ürünü görüntüleri, aterosıkleroz, multisıkleroz, anevrizma, kanser, alzheimer, BSE (deli dana) tanısı konmuş histopatoloji preparatları ile karşılaştırıldı.

Bulgular:
Bu denemeler sonunda deaminasyon ürünlerinden en basit RNA bazı olan uracil bazının diğerlerinden farklı olarak olağanüstü kimyasal ve biyofizik özellikleri olduğu anlaşıldı. Bunları şöyle sıralayabiliriz:
1) Uracil bazının suda doymuş eriyiği, 140 derecede 1,5 saat otoklavda sterilize edildiği zaman denatüre olmuyor. Uracilin sterilize edildikten sonra yapılan bakteriyolojik kültürleri, steril koşullarda iki aylık bir süre sonunda Hela hücreleri gibi koloniler yapıyor (AÜ Vet. Fak. Bak. Lab. ve Güven Lab. Testleri).
2) Uracil bazı su ile karıştırılınca 3 mol uracil bazı, 6 mol su ile birleşerek yapısındaki 3 mol azot ayrılınca 1 mol selüloza dönüşüyor. (3C4H4N2O2 + 6H2O ? 2C6H12O6 + 3N2)
Bilindiği gibi, bir selüloz molekülü, iki mol glikozun 1-4 numaralı karbonlarının oksijen bağları ile birleşmiş halidir.
3) Bu selüloz, bitki hücrelerinde plazma membranlarına yakın golgi keseciklerinde sentezlenip mikro tübüllerle hücre duvarına gönderilen selüloz gibi, liotrofik sıvı kristal özelliği nedeniyle sıvı, akışkan ve şekilsiz görünüyor.
4) Uracil bazından gelişmiş selüloz molekülleri liotrofik sıvı kristaller gibi suyun nicelik ve niteliğine, suda bulunan maddelerin miktar ve çeşidine göre yön ve konumunu değiştirerek (kristal, simetik, amiloid, granül, izotrop, anizotrop, veziküler, retiküler, konsantrik) görüntüler yapabiliyor (sıvı kristaller ile ilgili geniş bilgi için bakınız: Kelker ve Hatz: 1980). Ancak, temelde üç tip görüntüden söz etmek mümkün; bunlar, selüloz kesecik dizileri, sanıldığı gibi glia ve lenfosit olmayan selüloz nodüller ve selüloz fibriller olarak sıralanabilir.
5) Uracil bazının bitkilerdeki görüntüsünü anlamak için yapılan deneylerde, saksı zambağı saplarından elde edilen bitki özsuyundaki kristaller su ve hormon ile karşılaştırıldığında, proplastitlerden kloroplastlara doğru kloroplast öncesi gelişmeler (fotosentetik membranlar, prokloron, pregranal, plastidler, amebo plastidler, selüloz mikro fibriller, selüloz fibriller, mikro granüller) yaptıkları görüldü.
6) Uracil bazının su ile yapılan kültürüne, uracilin komplementeri olan adenin bazı eklendiğinde, uracil kristallerinin selüloz ve azot yapma yeteneği artıyor, ve hifa ve askus benzeri selüloz kesecik dizileri ortaya çıkıyor. Bu durum, kimyasal reaksiyon sonucu açığa çıkan azot miktarında da büyük bir artışın gerçekleşmesini zorunlu kılıyor.
7) Yukarıda sözü edilen bu azot çıkışının varlığını test etmek için, adenin bazı katılmış bu kültüre azot fikse eden bir bakteri olan Bradirizobium Japonicum Suşu eklendiğinde nodül, egzonodül ve absorptif misellerin oluşması, bakterinin bu azotu kullandığı anlamına gelmektedir.
8) Kültürlere şeker, CGH (Koryon gonadotropik hormon) ve tütün ekstratı eklenerek kültür suyunun kalitesi değiştirildiğinde histopatoloji preperatlarında artefakt diye tanımlanan görüntüler oluşuyor.
9) Uracil bazının kültürlerdeki bu değişik görüntüleri ateroskleroz, multiskleroz, anevrizma, kanser, alzeimer, BSE tanısı konmuş histopatoloji preparatlarındaki görüntülere büyük benzerlik gösteriyor.

Tartışma: Uracil Bazı, Evrensel Filogenetik Ağaç ve DNA’nın yapısal özellikleri
Laboratuarlarda evrensel filogenetik ağacı başlatan geni bulmaya çalışan araştırmacılar şöyle bir engel ile karşılaştıklarını belirtmekteler: Nucleotid monomerlerinin, fosfo diester bağları ile birleşirken ortaya çıkan su, yeni bir fosfo diester bağının oluşmasına engel olmaktadır (Ertem: 1998). Kimi araştırmacılar bu engeli aşmak için ya nukleotid monomerlerini killi ortamlarda katalizleyerek polimerleştirmeye çalışmaktalar ya da bu polimerleşme işinin uzay koşullarında gerçekleşebileceği düşüncesiyle uzay koşullarında denemeler yapmaya çalışmaktalar.
Böyle bir gen gerçekleştiğinde, bu genin evrensel filogenetik ağacın ilk dalları olacak olan kloroplast ve mitokondriya yapacak bir doğrultuda ototrof bir canlı oluşması için evrimleşmesi gerekeceği mutlak. Yani bu gen, önce kloroplast genomu, sonra bu genomdan gelişecek grana ve tilakoidlerde CO2, H2O ve güneş enerjisiyle indirgen bir reaksiyonla şeker yapacak, sonra da bu şekeri selüloza dönüştürecek gelişmeleri yapmak zorunda olacaktır.
Oysa uracil bazının özelliklerini açıklayan bu çalışma gösteriyor ki Evrensel Filogenetik ağacı sıfırdan başlatan şeyin bir gen değil bir molekül olduğudur. İlk yeryüzü koşullarında abiyogenez yolla sentezlenmiş glisin, alanin, izolösin gibi aminoasitlerin yanında, uracil bazı ve adenin bazları da bulunmaktadır (Kohler: 1998). İşte böyle bir karışımın sudaki gelişmesi dikkate alındığında, uracil bazı genoma gerek duymadan su ile karşılaşınca bir polisakkarit olan selüloza dönüşüyor. Bu noktadan hareketle uracilin, bitkilerin hücre duvarındaki gelişmeleri gibi kloroplast öncesi gelişmeleri yapacağı gerçeği ortaya çıkıyor. Ve böylece, ilk yeryüzü koşullarında heterotrop canlıların gelişmesi için gerekli selüloz ve azotla dolmuş göl ve okyanusların oluşmasını sağlamış oluyor. Tıpkı günümüz bitkilerinde çiçek ve tohum vermeden aşırı yağışlarda ileri derecede selüloz üreterek tarlada çiftçinin istemediği büyümeye yol açışı gibi.
Abiyogenez ile oluşmuş preprokaryotik bir molekül olan uracil su ile karşılaşınca yeni bir moleküle, yani selüloza dönüşüyor. Oluşan bu selüloz suda erimiyor ve dahası nucleotidlerin polimerleşmesi için gerekli hidrofob ortamı oluşturarak abiyogenezden biyogeneze ilk adımın atılmasına neden oluyor.
Tüm bunlara ek olarak, bu çalışmanın bulguları DNA’nın yapısal özelliklerine de ilişkin yeni ipuçları sunuyor. Öyle ki, Oktay Sinanoğlu DNA’nın sudan kaçan bir kuvvetin (çözgen iter etki = solvo-fobic kuvvet) etkisinde olduğunu, bu nedenle de kendi ekseni etrafında yay gibi kıvrıldığını ileri sürüyor (Sinanoğlu: 2001). Bu çalışmadan anlaşıldığına göre, DNA sudan korunma işini uracil bazının suya olan ilgisi ile sitozini uracile dönüştürerek önlemeye çalışmaktadır. DNA’nın bu özelliğine ‘çözgen çeker etki ya da solvo tropic kuvvet’ adı verilebilir.

Sonuç:
İlk yeryüzü koşullarında sularda biyogenezi başlatan uracil bazı, günümüz canlılarında genomdan ayrılıp (ısı dalgalanmaları ya da genleri bozan kimyasal, fiziksel kanserojen etkilerle) hücre suyuna karıştığında tıpkı evrensel filogenetik ağacı sıfırdan başlatıyormuş gibi gelişerek, genomun kurduğu sistemin entropisini büyütüyor. Karyoplazmada, sitoplazmada, inter selüler dokuda, damar içinde, kanda ya da bulunduğu organ ve dokularda farklı görüntüler yapan gelişmeler gösteriyor. Ne nükleik asit, ne gen, ne virüs, ne bakteri, ne protozoon, ne mantar, ne protein, ne de prion, fakat onların görüntülerini yapabilen selüloza dönüşmüş preprokaryotik bir molekül bu. Bunu bir atölyede yüksek derecede ısıtılınca özelliklerini kaybetmeyen cam hamurundan sayısız biçimlerde böcek, çiçek vs. yapıldığında hiçbiri gerçek böcek ve çiçek olmayan ve ısı karşısında bozulmayan cam moleküllerinin aldığı formlara benzetebiliriz.
Uracil bazının, molekül, mikro fibril, misel ve fibril düzeyinde başlayan selülozlaşma süreci organizmada savunma sisteminin kontrolu dışında kalarak, hücrelerin enzim, hormon, sekret, nöyro sekresyon vs. yapan fonksyonlarını etkileyerek, hücrelerin tüm doku, organ ve sistemlerle ilişkilerinin değişmesine ve sistemin yaşlanmasına neden oluyor. Eğer uracil bazının selülozlaşma süreci damarlarda oluyorsa, bu durum damar iç yüzeyini daraltarak (veya tıkayarak) enfarktüs veya hipertansyon ile sonuçlanabilecek gelişmelerin tetikleyicisi oluyor.
Kısacası uracil bazı hem evrensel filogenetik ağacı abiyogenezden, biyogeneze sıçratarak tüm yaşamı başlatıyor, hem de metazoalarda genomdan ayrıldığında genomun kurduğu sistemin entropisini büyüterek kanser, alzheimer, aterosıkleroz, multisıkleroz, anevrizma, BSE (deli dana) gibi hastalıklara yol açarak canlıyı yok eden bir faktör oluyor.

Kaynakça:
Alberts, B. et. Al. (1983) Molecular Biology of the Cell. Garland Publishing Inc. NewYork & London. s.216-220.
Ertem, G. (1998) İlk canlının ortaya çıkışı ve ilk yaşamın laboratuvarlarda yeniden başlatılması üzerine çalışmalar. Cumhuriyet Bilim ve Teknik. 9 Mayıs 1998, Sayı: 581, ss. 11-15.
Kelker, H. ve Hatz, R. (1980) Handbook of Liquid Crystals, Verlag Chemie, Weinheim Deerfield Beach, Florida Basel.
Kohler, P. (1998) Nous sommes tous des extra terrestres. Science et Vie, October, 1998. Çeviri: Selçuk Alsan, Yaşam uzayda mı başladı? Bilim ve Teknik sayı 373, ss. 70-71.
Schroedinger, E. (1945) What is life? Cambridge, Eng. Cambridge University Press.
Sinanoğlu, O. (2001) Türk Aynştaynı “Oktay Sinanoğlu Kitabı” Türkiye İş Bankası Kültür Yayınları, genel yayın no: 540. Mas Matbaacılık, İstanbul, ss. 214-215.