SULARDA
HAYATI BAŞLATAN MOLEKÜL: URASİL BAZI
Prof.
Dr. Med. Vet. Aydın Evren
GİRİŞ:
Erwin Schroedinger’in çalışmalarından ısı değişmeleri ile her hücre genomundan
günde yaklaşık 5000 nucleotidin kendiliğinden hidrolize olduğu ve DNA’nın
deaminasyon ürünlerinden uracil bazı, hypoxanthine ve xanthine’in hücre
suyuna katıldığı biliniyor (Schroedinger: 1945 and Alberts: 1983). Bu
çalışmada hücre suyuna geçen bu üç deaminasyon ürününün metabolize edilemeyince
organizmadaki görüntülerinin nasıl olduğu araştırıldı ve evrim sürecinde
abiyogenez ile biyogenez, ototrof canlılar ile heterotrof canlılar arasındaki
eksik halkayı tamamlar nitelikte sonuçlara varıldı.
Yöntem:
Çalışmaya Gebze Marmara Araştırma Merkezi’nden alınmış,
Örnek I 5’ CGGCGGTCTCTCCCAGGGCAGG 3’
Örnek II 5’ AGACTGGATGACTGCCATGG 3’
dizilimli degrede olmuş oligo nukleotidlerle yapılmış kültürlerin incelenmesiyle
başlandı. Aynı denemeler SIGMA Chemical company USA’dan alınmış deaminasyon
ürünlerinden uracil bazı, hypoxanthine ve xanthine ile de yapıldı.
Bu denemelerde deaminasyon ürünlerinin önce su, sonra metabolizmadaki
varlığı ve faydası tartışmalı olan şeker, CGH ve tütün ekstatı eklenerek,
kültür suyunun kalitesi değiştiğinde görüntülerinin nasıl değiştikleri
araştırıldı.
Aynı deaminasyon ürünlerinin bitki özsularındaki görüntülerini tanımak
için, saksı zambağı çiçek saplarından alınan özsularda bulunan kristallerin
su ve hormon etkisiyle gelişmeleri incelendi.
Denemeler steril koşullarda, lyotropik sıvı kristallerin pleomorfik görüntülerini
ortaya çıkaracak açık, yarı açık, kapalı, mono lineer ve suspensiyon türünde
kültürlerde yapıldı. Deneylerde tespit ve boyama yapılmadı ve immersiyondan
yararlanılmadı. Tüm preparatlar, immersiyon kullanılmadan x1000 defa büyütme
olanağı veren Nikon Alphaphot2 mikroskobu ile incelendi ve fotoğraflandı.
En son olarak, bütün bu deaminasyon ürünü görüntüleri, aterosıkleroz,
multisıkleroz, anevrizma, kanser, alzheimer, BSE (deli dana) tanısı konmuş
histopatoloji preparatları ile karşılaştırıldı.
Bulgular:
Bu denemeler sonunda deaminasyon ürünlerinden en basit RNA bazı olan uracil
bazının diğerlerinden farklı olarak olağanüstü kimyasal ve biyofizik özellikleri
olduğu anlaşıldı. Bunları şöyle sıralayabiliriz:
1) Uracil bazının suda doymuş eriyiği, 140 derecede 1,5 saat otoklavda
sterilize edildiği zaman denatüre olmuyor. Uracilin sterilize edildikten
sonra yapılan bakteriyolojik kültürleri, steril koşullarda iki aylık bir
süre sonunda Hela hücreleri gibi koloniler yapıyor (AÜ Vet. Fak. Bak.
Lab. ve Güven Lab. Testleri).
2) Uracil bazı su ile karıştırılınca 3 mol uracil bazı, 6 mol su ile birleşerek
yapısındaki 3 mol azot ayrılınca 1 mol selüloza dönüşüyor. (3C4H4N2O2
+ 6H2O ? 2C6H12O6 + 3N2)
Bilindiği gibi, bir selüloz molekülü, iki mol glikozun 1-4 numaralı karbonlarının
oksijen bağları ile birleşmiş halidir.
3) Bu selüloz, bitki hücrelerinde plazma membranlarına yakın golgi keseciklerinde
sentezlenip mikro tübüllerle hücre duvarına gönderilen selüloz gibi, liotrofik
sıvı kristal özelliği nedeniyle sıvı, akışkan ve şekilsiz görünüyor.
4) Uracil bazından gelişmiş selüloz molekülleri liotrofik sıvı kristaller
gibi suyun nicelik ve niteliğine, suda bulunan maddelerin miktar ve çeşidine
göre yön ve konumunu değiştirerek (kristal, simetik, amiloid, granül,
izotrop, anizotrop, veziküler, retiküler, konsantrik) görüntüler yapabiliyor
(sıvı kristaller ile ilgili geniş bilgi için bakınız: Kelker ve Hatz:
1980). Ancak, temelde üç tip görüntüden söz etmek mümkün; bunlar, selüloz
kesecik dizileri, sanıldığı gibi glia ve lenfosit olmayan selüloz nodüller
ve selüloz fibriller olarak sıralanabilir.
5) Uracil bazının bitkilerdeki görüntüsünü anlamak için yapılan deneylerde,
saksı zambağı saplarından elde edilen bitki özsuyundaki kristaller su
ve hormon ile karşılaştırıldığında, proplastitlerden kloroplastlara doğru
kloroplast öncesi gelişmeler (fotosentetik membranlar, prokloron, pregranal,
plastidler, amebo plastidler, selüloz mikro fibriller, selüloz fibriller,
mikro granüller) yaptıkları görüldü.
6) Uracil bazının su ile yapılan kültürüne, uracilin komplementeri olan
adenin bazı eklendiğinde, uracil kristallerinin selüloz ve azot yapma
yeteneği artıyor, ve hifa ve askus benzeri selüloz kesecik dizileri ortaya
çıkıyor. Bu durum, kimyasal reaksiyon sonucu açığa çıkan azot miktarında
da büyük bir artışın gerçekleşmesini zorunlu kılıyor.
7) Yukarıda sözü edilen bu azot çıkışının varlığını test etmek için, adenin
bazı katılmış bu kültüre azot fikse eden bir bakteri olan Bradirizobium
Japonicum Suşu eklendiğinde nodül, egzonodül ve absorptif misellerin oluşması,
bakterinin bu azotu kullandığı anlamına gelmektedir.
8) Kültürlere şeker, CGH (Koryon gonadotropik hormon) ve tütün ekstratı
eklenerek kültür suyunun kalitesi değiştirildiğinde histopatoloji preperatlarında
artefakt diye tanımlanan görüntüler oluşuyor.
9) Uracil bazının kültürlerdeki bu değişik görüntüleri ateroskleroz, multiskleroz,
anevrizma, kanser, alzeimer, BSE tanısı konmuş histopatoloji preparatlarındaki
görüntülere büyük benzerlik gösteriyor.
Tartışma: Uracil Bazı, Evrensel Filogenetik Ağaç ve
DNA’nın yapısal özellikleri
Laboratuarlarda evrensel filogenetik ağacı başlatan geni bulmaya çalışan
araştırmacılar şöyle bir engel ile karşılaştıklarını belirtmekteler: Nucleotid
monomerlerinin, fosfo diester bağları ile birleşirken ortaya çıkan su,
yeni bir fosfo diester bağının oluşmasına engel olmaktadır (Ertem: 1998).
Kimi araştırmacılar bu engeli aşmak için ya nukleotid monomerlerini killi
ortamlarda katalizleyerek polimerleştirmeye çalışmaktalar ya da bu polimerleşme
işinin uzay koşullarında gerçekleşebileceği düşüncesiyle uzay koşullarında
denemeler yapmaya çalışmaktalar.
Böyle bir gen gerçekleştiğinde, bu genin evrensel filogenetik ağacın ilk
dalları olacak olan kloroplast ve mitokondriya yapacak bir doğrultuda
ototrof bir canlı oluşması için evrimleşmesi gerekeceği mutlak. Yani bu
gen, önce kloroplast genomu, sonra bu genomdan gelişecek grana ve tilakoidlerde
CO2, H2O ve güneş enerjisiyle indirgen bir reaksiyonla şeker yapacak,
sonra da bu şekeri selüloza dönüştürecek gelişmeleri yapmak zorunda olacaktır.
Oysa uracil bazının özelliklerini açıklayan bu çalışma gösteriyor ki Evrensel
Filogenetik ağacı sıfırdan başlatan şeyin bir gen değil bir molekül olduğudur.
İlk yeryüzü koşullarında abiyogenez yolla sentezlenmiş glisin, alanin,
izolösin gibi aminoasitlerin yanında, uracil bazı ve adenin bazları da
bulunmaktadır (Kohler: 1998). İşte böyle bir karışımın sudaki gelişmesi
dikkate alındığında, uracil bazı genoma gerek duymadan su ile karşılaşınca
bir polisakkarit olan selüloza dönüşüyor. Bu noktadan hareketle uracilin,
bitkilerin hücre duvarındaki gelişmeleri gibi kloroplast öncesi gelişmeleri
yapacağı gerçeği ortaya çıkıyor. Ve böylece, ilk yeryüzü koşullarında
heterotrop canlıların gelişmesi için gerekli selüloz ve azotla dolmuş
göl ve okyanusların oluşmasını sağlamış oluyor. Tıpkı günümüz bitkilerinde
çiçek ve tohum vermeden aşırı yağışlarda ileri derecede selüloz üreterek
tarlada çiftçinin istemediği büyümeye yol açışı gibi.
Abiyogenez ile oluşmuş preprokaryotik bir molekül olan uracil su ile karşılaşınca
yeni bir moleküle, yani selüloza dönüşüyor. Oluşan bu selüloz suda erimiyor
ve dahası nucleotidlerin polimerleşmesi için gerekli hidrofob ortamı oluşturarak
abiyogenezden biyogeneze ilk adımın atılmasına neden oluyor.
Tüm bunlara ek olarak, bu çalışmanın bulguları DNA’nın yapısal özelliklerine
de ilişkin yeni ipuçları sunuyor. Öyle ki, Oktay Sinanoğlu DNA’nın sudan
kaçan bir kuvvetin (çözgen iter etki = solvo-fobic kuvvet) etkisinde olduğunu,
bu nedenle de kendi ekseni etrafında yay gibi kıvrıldığını ileri sürüyor
(Sinanoğlu: 2001). Bu çalışmadan anlaşıldığına göre, DNA sudan korunma
işini uracil bazının suya olan ilgisi ile sitozini uracile dönüştürerek
önlemeye çalışmaktadır. DNA’nın bu özelliğine ‘çözgen çeker etki ya da
solvo tropic kuvvet’ adı verilebilir.
Sonuç:
İlk yeryüzü koşullarında sularda biyogenezi başlatan uracil bazı, günümüz
canlılarında genomdan ayrılıp (ısı dalgalanmaları ya da genleri bozan
kimyasal, fiziksel kanserojen etkilerle) hücre suyuna karıştığında tıpkı
evrensel filogenetik ağacı sıfırdan başlatıyormuş gibi gelişerek, genomun
kurduğu sistemin entropisini büyütüyor. Karyoplazmada, sitoplazmada, inter
selüler dokuda, damar içinde, kanda ya da bulunduğu organ ve dokularda
farklı görüntüler yapan gelişmeler gösteriyor. Ne nükleik asit, ne gen,
ne virüs, ne bakteri, ne protozoon, ne mantar, ne protein, ne de prion,
fakat onların görüntülerini yapabilen selüloza dönüşmüş preprokaryotik
bir molekül bu. Bunu bir atölyede yüksek derecede ısıtılınca özelliklerini
kaybetmeyen cam hamurundan sayısız biçimlerde böcek, çiçek vs. yapıldığında
hiçbiri gerçek böcek ve çiçek olmayan ve ısı karşısında bozulmayan cam
moleküllerinin aldığı formlara benzetebiliriz.
Uracil bazının, molekül, mikro fibril, misel ve fibril düzeyinde başlayan
selülozlaşma süreci organizmada savunma sisteminin kontrolu dışında kalarak,
hücrelerin enzim, hormon, sekret, nöyro sekresyon vs. yapan fonksyonlarını
etkileyerek, hücrelerin tüm doku, organ ve sistemlerle ilişkilerinin değişmesine
ve sistemin yaşlanmasına neden oluyor. Eğer uracil bazının selülozlaşma
süreci damarlarda oluyorsa, bu durum damar iç yüzeyini daraltarak (veya
tıkayarak) enfarktüs veya hipertansyon ile sonuçlanabilecek gelişmelerin
tetikleyicisi oluyor.
Kısacası uracil bazı hem evrensel filogenetik ağacı abiyogenezden, biyogeneze
sıçratarak tüm yaşamı başlatıyor, hem de metazoalarda genomdan ayrıldığında
genomun kurduğu sistemin entropisini büyüterek kanser, alzheimer, aterosıkleroz,
multisıkleroz, anevrizma, BSE (deli dana) gibi hastalıklara yol açarak
canlıyı yok eden bir faktör oluyor.
Kaynakça:
Alberts, B. et. Al. (1983) Molecular Biology of the Cell. Garland Publishing
Inc. NewYork & London. s.216-220.
Ertem, G. (1998) İlk canlının ortaya çıkışı ve ilk yaşamın laboratuvarlarda
yeniden başlatılması üzerine çalışmalar. Cumhuriyet Bilim ve Teknik. 9
Mayıs 1998, Sayı: 581, ss. 11-15.
Kelker, H. ve Hatz, R. (1980) Handbook of Liquid Crystals, Verlag Chemie,
Weinheim Deerfield Beach, Florida Basel.
Kohler, P. (1998) Nous sommes tous des extra terrestres. Science et Vie,
October, 1998. Çeviri: Selçuk Alsan, Yaşam uzayda mı başladı? Bilim ve
Teknik sayı 373, ss. 70-71.
Schroedinger, E. (1945) What is life? Cambridge, Eng. Cambridge University
Press.
Sinanoğlu, O. (2001) Türk Aynştaynı “Oktay Sinanoğlu Kitabı” Türkiye İş
Bankası Kültür Yayınları, genel yayın no: 540. Mas Matbaacılık, İstanbul,
ss. 214-215.
|